Die Hauptgeschäftsstelle in Radolfzell-Möggingen ist für Finanz- und Personalverwaltung, für Marketing und Fundraising, Mitglieder-, Spender- und Förderer-Service, die Kommunikation innerhalb des Verbandes und die Unterstützung der BUND-Ehrenamtlichen zuständig. Hauptgeschäftsführer ist Ralf Stolz.

Angegliedert ist das Naturschutzgebiet Mindelsee. Es wurde bereits 1938 ausgewiesen und gehört damit zu den ältesten Naturschutzgebieten in Baden-Württemberg. 2013 feierten wir bereits „75 Jahre NSG Mindelsee“. Das Schutzgebiet ist ein Eldorado für eine große Zahl an seltenen und gefährdeten Arten und Lebens­räumen. Es steht auch unter internationalem Schutz. Seit 1979 wird das Mindelseegebiet vom BUND-Naturschutzzentrum Möggingen im Auf­trag des Regierungspräsidiums Freiburg verantwortungsvoll betreut und entwickelt.